Bas-bas yang ditinggalkan di depoh Nadi Putra akibat penyelenggaraan yang kurang baik, menyebabkan kemarahan penduduk kerana kekerapan yang rendah.

Kualiti perkhidmatan Nadi Putra dilaporkan merosot sejak penswastaan pada 2018. Kebanyakan bas sering rosak kerana tidak diselenggara dengan baik, menyebabkan kemarahan kalangan penduduk dan pekerja di Putrajaya, Cyberjaya serta Bandar Saujana Putra.[5]

Mogok tercetus dalam kalangan pemandu bas Nadi Putra pada tahun 2007 dan 2018 berikutan kekurangan perkhidmatan bas yang tersedia untuk perkhidmatan. [6]

Pandangan tempat duduk pemandu pada bas Nadi Putra, menunjukkan sistem kod QR untuk pembayaran.

Pelaksanaan bayaran tanpa tunai melalui Kad Putra berbanding Touch 'n Go yang diterima secara meluas pada Januari 2018 telah menimbulkan bantahan daripada penumpang yang datang dari luar Putrajaya, disebabkan oleh kad dan perkhidmatan tambah nilai hanya tersedia di stesen ERL Putrajaya/Cyberjaya, hab Nadi Putra. Penggunaan Kad Putra telah dimansuhkan pada Januari 2020, dan telah digantikan dengan kod QR aplikasi mudah alih.[7]

Bas koc Foton BJ6108U7LHD-R yang menggantikan bas-bas NGV.

Akibat bas NGV yang tidak diselenggara dengan baik ialah bas itu terbengkalai dan digantikan dengan bas koc Foton BJ6108U7LHD-R oleh Konsortium Bas Ekspres Semenanjung (KBES), dimana bas-bas tersebut tidak praktikal untuk digunakan sebagai perkhidmatan bas bandar, sekali gus membawa kepada kegagalan untuk memiliki bas bandar yang mampan. Ini juga menyebabkan beberapa laluan ditamatkan, atau dipindahkan ke syarikat lain.